Das Krebsregister ist, insbesondere aus Gründen des Datenschutzes, in zwei Organisationseinheiten aufgeteilt, die nicht nur organisatorisch, sondern auch räumlich voneinander getrennt sind.
Die Vertrauensstelle ist bei der Ärztekammer Schleswig-Holstein in Bad Segeberg angesiedelt. Sie nimmt die Meldungen an das Krebsregister entgegen, führt sie auf Patientenebene zusammen und nimmt eine erste Qualitätssicherung der Meldungen vor. Nach Abschluss der Verarbeitung leitet sie ausschließlich die klinischen und epidemiologischen Daten an die Registerstelle weiter.
Die Registerstelle wird vom Institut für Krebsepidemiologie e.V., einem An-Institut an der Universität zu Lübeck, betrieben und erhält nur die klinischen und epidemiologischen Daten zur Speicherung und Auswertung. Der Registerstelle liegen keine identifizierenden Personenangaben vor.
Mit der Erweiterung zu einem klinisch-epidemiologischen Krebsregister ist eine Koordinierungs- und Leitungsstelle im Sozialministerium hinzugekommen. Diese wird von einem Beirat begleitet. Träger des Krebsregisters ist das Land Schleswig-Holstein.